中国炼焦行业协会的最高组织机构是全国理事大会。理事及常务理事由每年一次的全国理事大会选举产生。闭会期间，常务理事会行使理事会职权，并每半年召开一次会议。理事长为协会的法人代表，受国务院国有资产监督管理委员会（委托中国钢铁工业协会代管）管理并在理事会授权下主持协会的全面工作。秘书长对会长负责，主持协会秘书处的日常工作，落实协会年度工作计划。